《从百草园到三味书屋》的主题是什么?众说纷纭。就其主要分歧来说：一种意见认为，本文的主题在于批判封建教育制度。另一种意见认为，不在于批判封建教育制度。
1.主题在于批判封建教育制度
李何林认为：本篇的中心思想是揭露和批判封建腐朽、脱离儿童实际的私塾教育，用乐园似的百草园生活来和阴森、冷酷、枯燥、陈腐的三味书屋相对比，一个是多么适合儿童心理，表现了儿童的广阔的生活乐趣；一个是多么妨碍儿童身心的发展：像《论语》《幼学琼林》《周易》《尚书》这些宣扬封建毒素的古书，艰深难懂，逼着学生死记硬背，不懂也不能问。
重点在批判封建教育，揭露私塾残害儿童的身心发展，但百草园毕竟不是学校，不是生产斗争和阶级斗争的课堂，不过是能引起儿童乐趣的地方，所以这不是写两个课堂。
作者写这个私塾老先生，说“早听到，他是本城中极方正、质朴、博学的人”，这是传言，并不是作者的看法。作者的看法已渗透在全篇的叙述中：通过百草园和三味书屋的生动的对比；通过对这位老先生一面教学生死读书、读死书，一面自己在课堂上摇头晃脑地欣赏无聊文章的描写；特别是通过写学生按规矩如何先拜孔子后拜他，鲁迅如何抱着求知的渴望和仰慕的心情拿天真的问题去请教他，而碰了一鼻子灰……说明了他是一个体现孔孟之道的、不学无术的典型腐儒。不过作者还不是把他写得很凶。他对学生也“大叫”“瞪眼”“怒斥”，偶尔也打“戒尺”“罚跪”，但这些都不常用。对这位老先生，作者是用轻松幽默的笔调予以揭露。
这篇散文不仅写景细致，且景中有情。景是儿童心理的景，情是儿童心理的情，使读者感到此情此景亲切可爱：使人爱文中的景，更爱景中的情，更爱有这种天真感情的儿童，从而也就更憎恶夺去儿童“好景”的封建教育。
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